土壤離心機(jī)提取土壤DNA的方法
1.稱取樣品土樣5g,加入滅菌的石英砂,不要液氮研磨,這樣子對DNA傷害很大,幾乎全部片段化了??梢栽谶@步加上PBS洗滌下土壤,一是能夠去除些雜質(zhì),二是能夠使得土壤處于懸浮狀態(tài),然后可以在渦旋儀上劇烈渦旋2-3min,使得土壤顆粒破碎。然后用土壤離心機(jī)12000rpm離心5min,棄上清。
2.加入13.5mL的DNA提取Buffer,100微升20mg/mL蛋白酶K,37℃225rpm搖2h;
3.加入700微升20%SDS,65℃水浴2h,間隔15min顛倒搖勻數(shù)次;
4.6000rpm室溫離心15min,收集中間液相層;向沉淀中加入3mLDNA提取液,300微升20%SDS,65℃水浴30min,同上離心,收集中間液相層,合并;重復(fù)一次;這里可以考慮再增加抽提一次。或者用5mL而不是3mL。最后實(shí)在裝不下了可以分在兩個(gè)50mL離心管里面離心。
5.向收集的液相層中加入等體積氯仿:異戊醇(24:1)抽提一次,8000rpm離心10min,收集上部液相層;在做抽提的時(shí)候加用一步酚氯仿,原因是酚能夠更好的使蛋白變性。如果不考慮用酚的話,建議用氯仿異戊醇抽提兩次。會(huì)發(fā)現(xiàn)顏色會(huì)變清不少。
6.第5步收集液相層中加入0.1倍體積的乙酸鈉,0.6倍體積的異丙醇,室溫放置1-2h;
7.沉淀物12000rpm離心15min,棄上清;向沉淀中加入10mL冷乙醇洗滌,12000rpm離心5min,棄上清;12000rpm離心30sec,移液槍析出殘留液體;
8.室溫自然干燥沉淀,干燥后向沉淀中加入400微升TE溶解。沉淀貼壁很緊,不要用小槍頭吹吸攪動(dòng),可以將沉淀浸沒后放置于4度過夜或數(shù)小時(shí),沉淀就會(huì)蓬松。
土樣比較特殊,黑色,腐殖質(zhì)等物質(zhì)含量高,這個(gè)必須純化,樣品里面太多的多糖類物質(zhì)和腐殖質(zhì),選擇qiagen的40KB的膠回收試劑盒,嫌太貴的話可以考慮電洗脫。
DNA提取液組成:100mM Tris,100mMEDTA,200mMNaCl,2%PVPP,3%CTAB,pH9.0
以上為三次提取的詳細(xì)過程及試劑用量。
注意事項(xiàng),所有的槍尖,包括1mL的都要去尖后滅菌。每個(gè)步驟動(dòng)作都要輕柔,這樣DNA才會(huì)完整。
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